นางาโตะเป็นผู้สืบเชื้อสายตระกูลเซนจูและได้รับเนตรสังสาระมาจากมาดาระตั้งแต่ยังเด็ก เขาเป็นเด็กกำพร้าจากสงคราม พ่อแม่ของเขาถูกนินจาโคโนฮะฆ่าตายเพราะคิดว่าเป็นนินจา นางาโตะต้องใช้ชีวิตอย่างยากลำบาก ความเจ็บปวดที่ได้รับกลายเป็นความเกลียดชังและพลังเนตรของเขาก็ได้ถูกปลุกขึ้นมา นางาโตะเดินทางออกออกจากบ้านจนได้พบกับโคนันและยาฮิโกะที่เป็นเด็กกำพร้าจากสงครามเช่นเดียวกัน
ความฝันของยาฮิโกะที่ต้องการเป็นพระเจ้าเพื่อหยุดสงครามได้กลายมาเป็นความฝันของนางาโตะ การปรากฏตัวของสามนินจาในตำนานทำให้นางาโตะ โคนันและยาฮิโกะได้พบกับจิไรยะซึ่งจิไรยะได้อยู่สอนวิชานินจาให้กับเด็กทั้งสามคนเป็นเวลาสามปีก่อนจะกลับไปยังโคโนฮะ
นางาโตะฆ่านินจาที่กำลังจะทำร้ายยาฮิโกะด้วยเนตรสังสาระ เขาไม่รู้ว่าสิ่งที่ตัวเองทำไปนั้นถูกหรือผิดกันแน่ แต่การได้ฟังเรื่องราวจากจิไรยะทำให้เขารู้ว่ามันถูกต้อง จิไรยะเล่าเรื่องเซียนหกวิถี (หกเซียนเต๋า) ให้นางาโตะฟังและบอกว่านางาโตะมีพลังเนตรที่อาจจะนำสันติสุขมายังโลกนี้
ยาฮิโกะตั้งองค์กรขึ้นมาและเริ่มมีชื่อเสียง "ฮันโซ" หัวหน้าหมู่บ้านอาเมะงาคุเระอยากให้พวกเขาช่วยนำสันติภาพมาสู่สามแค้วนที่กำลังทำสงครามกันอยู่ซึ่งพวกเขาตอบรับคำขอร้องนั้น ทว่าฮันโซเริ่มหวาดระแวงว่าจะเสียตำแหน่งผู้นำของอาเมะงาคุเระจึงร่วมมือกันดันโซจับโคนันเป็นตัวประกัน ฮันโซสั่งให้นางาโตะฆ่ายาฮิโกะแลกกับความปลอดภัยของโคนัน นางาโตะคิดแต่จะช่วยทั้งสองคนจนถูกยาฮิโกะวิ่งเข้าไปหาแล้วใช้คุไนในมือของนางาโตะแทงเข้ามาที่ตัวเอง
การสูญเสียทั้งพ่อแม่และเพื่อนรักทำให้นางาโตะได้เรียนรู้ถึงความเจ็บปวด เขาใช้เนตรสังสาระกำจัดนินจาอาเมะงาคุเระแต่ฮันโซหนีไปได้ นางาโตะขึ้นเป็นหัวหน้าองค์กรแทนยาฮิโกะ เขาฆ่าล้างตระกูลฮันโซและเดินหน้าทำตามความฝันที่จะเป็นพระเจ้าของโลกต่อไป
นางาโตะใช้เนตรสังสาระควบคุมเพนหกวิถีโดยใช้วิถีพระเจ้าซึ่งเป็นร่างของยาฮิโกะเป็นร่างหลัก เขารวบรวมนินจาถอนตัวฝีมือสูงเข้ามาในองค์กรแสงอุษาและรวบรวมพลังสถิตร่างสัตว์หางโดยมีโทบิอยู่เบื้องหลัง นางาโตะควบคุมเพนจัดการกับจิไรยะที่ลอบเข้ามาในอาเมะงาคุเระและส่งเพนไปถล่มโคโนฮะโดยฆ่าคนไปเป็นจำนวนมาก
นางาโตะได้พบกับนารูโตะที่มุ่งหน้ามาหาเพื่อยุติการต่อสู้ นางาโตะได้ฟังเรื่องราวของจิไรยะจากนารูโตะและคำตอบในการสร้างสันติที่นารูโตะเลือกจึงยอมเชื่อใจนารูโตะ เขาชุบชีวิตให้กับคนที่ถูกเพนฆ่าตายขึ้นมาด้วยจักระที่เหลือเพียงน้อยนิดของและยังฝากความฝันที่จะนำสันติสุขมาไว้กับนารูโตะ
ในช่วงสงครามโลกนินจาครั้งที่ 4 นางาโตะฟื้นขึ้นมาด้วยคาถาสัมภเวสีคืนชีพของคาบูโตะแต่เขาสามารถหลุดจากการควบคุมได้ เขากับอิทาจิที่หลุดจากคาถาเช่นกันไปหารือว่าต้องทำบางอย่างกับสงครามครั้งนี้
นางาโตะกับอิทาจิได้พบกับนารูโตะอีกครั้งและรู้ความลับที่อิทาจิได้รับมอบหมายให้ฆ่าล้างตระกูล ระหว่างนั้นเองร่างกายของเขาก็ถูกคาบูโตะควบคุมให้โจมตีใส่นารูโตะและคิลเลอร์บีเขาจึงทำได้เพียงต่อสู้ไปพลางและบอกวิธีการโจมตีของตัวเองไปพลาง
ร่างของนางาโตะถูกเทวีสุริยาของอิทาจิเผาทำลายแต่ก็ฟื้นขึ้นมาใหม่พร้อมกับการถูกควบคุมโดยสมบูรณ์และต่อสู้กับนารูโตะด้วยวิถีทั้งหกของเพน นางาโตะได้สติกลับมาอีกครั้งหลังจากถูกทำลายวิชาโจมตี เขาได้สั่งเสียกับนารูโตะถึงนิยายที่จิไรยะเป็นคนเขียนก่อนที่จะถูกอิทาจิผนึกเอาไว้ตลอดกาล