ความเป็นอัจฉริยะของอิทาจิได้รับการยอมรับในโลกของนินจา เขาสามารถเบิกเนตรวงแหวนได้ตั้งแต่อายุเพียง 8 ปีซึ่งถือว่าเร็วมากและเข้าหน่วยลับตอนอายุ 13 ปี ด้วยความสามารถบวกกับสายเลือดตระกูลอุจิวะจึงทำให้เขาเป็นที่ต้องตาต้องใจของโอโรจิมารุในการครอบครองร่าง
การที่คนรักความสงบอย่างเขาได้เห็นภาพความสูญเสียทำให้เขาเกลียดสงครามและอยากให้หมู่บ้านเกิดความสงบสุข การปรากฏตัวของโทบิในช่วงที่นารูโตะเกิดทำให้อิทาจิรับรู้ถึงอันตรายที่คืบคลานเข้ามาและเขาก็คงต้องทำอะไรสักอย่างเพื่อปกป้องโลกที่สงบสุขของน้องชาย
อิทาจิได้รับมอบหมายภารกิจให้สืบความเคลื่อนไหวของอุจิวะและถูกบีบให้ฆ่าล้างตระกูลอุจิวะทุกคนที่คิดจะก่อการปฏิวัติยึดครองโคโนฮะ อิทาจิคิดว่าความสงบของหมู่บ้านสำคัญกว่าตระกูล แต่สิ่งที่สำคัญที่สุดสำหรับเขาก็คือน้องชายเพียงคนเดียวที่สำคัญยิ่งกว่าชีวิตของเขา อิทาจิขอร้องฮิรุเซ็นให้ช่วยปกป้องซาสึเกะจากดันโซและคนใหญ่คนโตที่รู้ความลับนี้
เวลาประจวบเหมาะกับภารกิจที่ได้รับมอบหมาย อิทาจิรับรู้ถึงการมีตัวตนของโทบิ (แต่ไม่รู้ถึงแผนการทั้งหมด) เขาจึงได้ติดต่ออย่างลับๆและเสนอเงื่อนไขว่าไม่ให้โทบิแตะต้องหมู่บ้านโดยที่ตัวเขาเองจะเป็นคนลงมือสังหารคนในตระกูลอุจิวะให้เอง
แล้วคืนแห่งนรกก็มาถึง อิทาจิลงมือฆ่าล้างอุจิวะโดยเหลือซาสึเกะไว้เพียงคนเดียว ก่อนออกจากหมู่บ้านเขาใช้ “อ่านจันทรา” เพื่อให้ซาสึเกะเห็นภาพเหตุการณ์ที่เขาลงมือฆ่าทุกคน เขาบอกให้ซาสึเกะแข็งแกร่งขึ้นเพื่อมาฆ่าเขาและบอกวิธีที่จะทำให้ได้เนตรวงแหวนกระจกเงาหมื่นบุบผาว่าจะต้องฆ่าเพื่อที่สนิทที่สุด
อิทาจิออกจากหมู่บ้านและเข้าร่วมกลุ่มแสงอุษาโดยจับคู่กับคิซาเมะเพื่อจับตามองอันตรายที่อาจเกิดขึ้นกับหมู่บ้านและส่งสัญญาณเป็นนัยถึงดันโซว่าหากขืนยุ่งกับซาสึเกะเขาจะแฉข้อมูลของหมู่บ้าน แหวนสัญลักษณ์ของเขาคือ “นกแดงชาด” (Suzaku) ที่สวมไว้ที่นิ้วนางข้างขวา
ภายหลังการตายของฮิรุเซ็นไม่นานอิทาจิที่ตอนนี้กลายเป็นอาชญากรร้ายของโลกนินจาได้เดินทางกลับมาโคโนฮะอีกครั้งพร้อมกับคิซาเมะเพื่อจับตัวนารูโตะและเตือนดันโซว่าเขายังมีชีวิตอยู่ อิทาจิต้องเผชิญหน้ากับคุเรไน อาสึมะและคาคาชิที่มาดักรอและใช้อ่างจันทราเล่นงานคาคาชิจนหมดสภาพ เมื่อรู้ว่าคาคาชิล่วงรู้การมีตัวตนของแสงอุษาจึงสั่งให้คิซาเมะจับตัวคาคาชิไปแต่ไกก็เข้ามาขวางจนต้องล่าถอยไป
แม้จะตามล่าจนพบตัวนารูโตะที่ออกมานอกหมู่บ้านและจัดการกับซาสึเกะจนหมดสภาพ แต่การที่ต้องเผชิญหน้ากับจิไรยะก็ไม่ใช่เรื่องง่าย อิทาจิกับคิซาเมะถูกขังเอาไว้ในท้องกบแต่ยังหนีออกไปได้ด้วยเทวีสุริยาและต้องล่าถอยจากตัวนารูโตะอีกครั้ง
อิทาจิป่วยหนักแต่ยังคงทำงานให้แสงอุษาโดยต้องใช้ยายื้อชีวิตไปวันๆเพื่อเฝ้ารอวันที่น้องชายแข็งแกร่งและเดินทางมาฆ่าเขาซึ่งคิซาเมะรู้เรื่องนี้ดี เมื่อซาสึเกะมาหาตามต้องการเขาจึงได้เล่าเรื่องราวของมาดาระให้ฟังและเปิดฉากการต่อสู้ของสองพี่น้องร่วมสายเลือดโดยมีเซ็ตสึคอยเฝ้าดูอย่างใกล้ชิด
เนตรวงแหวนวิชาอ่างจันทราของอิทาจิถูกซาสึเกะทำลายลงและถูกดาวกระจายกับดักทำร้ายจนขาซ้ายบาดเจ็บ การดวลกันของคาถาไฟอิทาจิเป็นฝ่ายแพ้เขาจึงใช้เทวีสุริยาเผาทำลายเปลวไฟของซาสึเกะและใช้เทพวายุ “ซูซาโนะโอะ” (Susanoo) ป้องกันการโจมตีจากสายฟ้าของซาสึเกะ
เมื่อพลังของซาสึเกะอ่อนลงทำให้จักระของโอโรจิมารุที่ถูกสะกดไว้ออกมาจากร่างด้วยคาถาแปดเซียน อิทาจิที่เฝ้ารอเวลานี้มานานใช้ดาบโทสึกะ (ดาบสะบั้นเรไร) ซึ่งเป็น 1 ในดาบคุซานางิที่โอโรจิมารุตามหามาตลอดแทงใส่โอโรจิมารุและสะกดเอาไว้ในโลกภาพลวงตาโหดร้ายชั่วนิรันดร์
อิทาจิเดินเข้าไปหาซาสึเกะที่หมดแรงต่อสู้ เขายิ้มและพูดบางอย่างพร้อมกับใช้นิ้วจิ้มไปที่หน้าผากเหมือนครั้งที่เขาเคยทำตอนที่ซาสึเกะยังเด็กเพื่อถ่ายทอดพลังเนตรวงแหวนทั้งหมดให้กับซาสึเกะโดยมีเป้าหมายในการฆ่าโทบิหรือป้องกันโทบิไม่ให้เข้าใกล้ซาสึเกะก่อนที่เขาจะล้มลง
ในช่วงสงครามโลกนินจาครั้งที่ 4 อิทาจิฟื้นขึ้นมาด้วยวิชาสัมภเวสีคืนชีพของคาบูโตะ อิทาจิสามารถหลุดจากการควบคุมได้และพานางาโตะหลุดจากคาถาเช่นกัน อิทาจิได้พบกับนารูโตะอีกครั้งและรู้ว่าน้องชายรู้ความลับของตัวเองและคิดจะแก้แค้นหมู่บ้านซึ่งมันตรงกันข้ามกับสิ่งที่เขาต้องการ
อิทาจิกับนางาโตะที่ถูกควบคุมอีกครั้งแต่คราวนี้ก็หลุดมาได้ด้วยเนตรวงแหวนของชิซุยที่ปลูกถ่ายไว้ในดวงตาของอีกา อิทาจิร่วมมือกับนารูโตะและคิลเลอร์บีโจมตีนางาโตะที่ถูกควบคุมโดยสมบูรณ์แบบ ทั้งสามร่วมกันทำลายการโจมตีทำให้นางาโตะได้สติกลับมาก่อนที่อิทาจิจะใช้วิชาผนึกนางาโตะไปตลอดกาล
อิทาจิแยกทางจากนารูโตะและมุ่งหน้าไปหาคาบูโตะเพื่อหยุดคาถาสัมภเวสีคืนชีพ ระหว่างทางเขาได้พบกับซาสึเกะและร่วมมือกันต่อสู้กับคาบูโตะ อิทาจิใช้ “อิซานามิ” จัดการคาบูโตะลงได้และควบคุมคาบูโตะให้คลายคาถาสัมภเวสีคืนชีพจนหยุดลง
อิทาจิใช้เวลาช่วงสุดท้ายเล่าความจริงทุกอย่างที่เกิดขึ้นกับตัวเขาผ่านเนตรวงแหวนให้ซาสึเกะได้รับรู้ก่อนที่ร่างของเขาจะค่อยๆหายไป ปิดฉากตำนานพี่ชายที่แสนดีซึ่งคงไม่มีโอกาสที่ทั้งสองจะได้พบกันอีกตลอดกาล