เนื้อเรื่อง
เมดากะ ประธานนักเรียนคนใหม่ได้ตั้งกล่องรับเรื่องร้องทุกข์ของนักเรียนและตั้งเป้าจะแก้ปัญหาของทุกคนให้หมดไปใน 365 วัน แต่เรื่องไม่ได้ง่ายอย่างนั้นเพราะสภานักเรียนต้องพบกับผู้ต่อต้านที่จะคอยขัดขวาง
สภานักเรียนคลี่คลายปัญหาภายในโรงเรียนได้อย่างสวยงามกระทั่งการปรากฏตัวของสารวัตรนักเรียน สภานักเรียนตกเป็นเป้าถูกทำร้ายทำให้เมดากะต้องสู้ เธอโกรธจัดจนเข้าสู่โหมดเทพปิศาจและเอาชนะอุนเซ็นจากสารวัตรนักเรียนได้
ในภาค Medaka Box Abnormal สภานักเรียนต้องสู้กับศัตรูที่แข็งแกร่งอย่างนักเรียนชั้น 13 ที่รวบรวมคนไม่ปกติจากทั่วประเทศเพื่อหยุดแผนขวดแก้วในการสร้างอัจฉริยะสมบูรณ์แบบ...
กลุ่มตัวละครสำคัญ
สภานักเรียน
สภานักเรียนรุ่นที่ 98 ของโรงเรียนฮาโคนิวะที่เกิดจากการก่อตั้งของเมดากะจังผู้ชนะการเลือกตั้งด้วยคะแนนขาดลอย 98% มีเป้าหมายในการกำจัดปัญหาของนักเรียนทุกคนให้หมดไปโดยมีกล่องรับคำร้องเป็นสื่อกลางในการรับรู้ปัญหาและหาทางแก้ไข สภานักเรียน
สารวัตรนักเรียน
หัวหน้าฝ่ายปกครองของโรงเรียนฮาโกนิวะที่มีอำนาจเด็ดขาดในการลงโทษนักเรียนผู้กระทำความผิดโดยไม่มีการละเว้นและจะลงโทษขั้นร้ายแรง สารวัตรนักเรียน
นักเรียนห้อง 13
กลุ่มนักเรียนผู้ไม่ปกติ (Abnormal) ซึ่งถูกรวบรวมมาจากทั่วประเทศเพื่อเป็นหนูทดลองในการสร้างอัจฉริยะในแผนขวดแก้ว (The Flask Plan) โดยมีผู้อำนวยการชิรานูอิอยู่เบื้องหลัง นักเรียนห้อง 13
นักเรียนห้องลบ 13
ห้องเรียนใหม่ที่ถูกตั้งขึ้นมาโดยใช้ตึกโกสบาเบลเป็นที่ทำการ ห้องลบ 13 ได้ประกาศว่าสภานักเรียนชุดปัจจุบันขาดคุณสมบัติเป็นเหตุให้เกิดศึกชิงเก้าอี้สภานักเรียนขึ้น นักเรียนห้องลบ 13