ยามาโตะเป็นนินจาสายลับที่ทำงานขึ้นตรงต่อโฮคาเงะ เขาชำนาญเรื่องการสะกดรอยเพราะอยู่ในหน่วยลับมาตั้งแต่เด็ก ยามาโตะปรากฏตัวครั้งแรกหลังจากถูกซึนาเดะเรียกตัวมาเพื่อให้รับหน้าที่หัวหน้าหน่วยคาคาชิแทนคาคาชิที่ต้องพักฟื้นจากอาการบาดเจ็บจากการต่อสู้กับแสงอุษา
ในช่วงที่ยังเป็นทารกยามาโตะเป็นเด็ก 1 ใน 60 คน ที่ถูกโอโรจิมารุใช้ในการทดลองโดยปลูกถ่ายเซลล์ของฮาชิรามะเข้าไปซึ่งเขาเป็นเพียงคนเดียวที่รอดมาได้ หลังจากนั้นเขาก็เติบโตขึ้นในหน่วยลับและทำงานให้กับดันโซจนกระทั่งได้พบกับคาคาชิ
เซลล์ของฮาชิรามะที่ถูกปลูกถ่ายเข้าไปทำให้ยามาโตะใช้วิชาลับของฮาชิรามะได้ โดยเฉพาะความสามารถในการควบคุมพลังสถิตร่างที่กำลังอาละวาดให้สงบลง นี่จึงเป็นอีกหนึ่งเหตุผลที่ซึนาเดะเลือกเขามาในหน่วยคาคาชิเพื่อจะได้สะกดนารูโตะในยามคลั่ง
ภารกิจแรกของยามาโตะในฐานะหัวหน้าหน่วยคาคาชิคือการไปพบกับสายลับของซาโซริที่แฝงตัวอยู่กับโอโรจิมารุและจับตาดูซาอิ ยามาโตะปลอมตัวเป็นซาโซริและไปกับสายลับซึ่งก็คือคาบูโตะแต่ก็ถูกคาบูโตะโจมตีหลังจากที่โอโรจิมารุปรากฏตัว
ยามาโตะดูการต่อสู้ระหว่างนารูโตะกับโอโรจิมารุและใช้คาถาไม้หยุดนารูโตะที่กำลังคลั่งเอาไว้ เมื่อเห็นซาอิมีการติดต่อบางอย่างกับโอโรจิมารุเขาจึงให้ร่างแยกไม้ไล่ตามไปจนถึงรังลับและได้พบกับซาสึเกะ แต่ก่อนที่ซาสึเกะจะลงมือโอโรจิมารุก็ห้ามเอาไว้และล่าถอยไป ภารกิจจึงจบลงด้วยความล้มเหลมแต่ก็ได้ข้อมูลที่มีประโยชน์กลับมาแทน
ในระหว่างที่คาคาชิกำลังพัฒนากระสุนวงจักรให้กับนารูโตะนั้นยามาโตะต้องกลายเป็นผู้ช่วยคนสำคัญในการควบคุมจักระของเก้าหางในตัวนารูโตะไม่ให้อาละวาด (ส่วนคาคาชิแค่สั่งการแล้วไปพักให้สบาย) ซึ่งแม้จะได้วิชาใหม่คือดาวกระจายวงจักรแต่ก็ยังไม่ใช่วิชาที่สมบูรณ์
เมื่อห้าคาเงะตกลงเป็นพันธมิตรกันต่อต้านแสงอุษา ยามาโตะกับไกและนินจาโนโนฮะอีกจำนวนหนึ่งนำตัวนารูโตะไปหาบีที่เต่ายักษ์เพื่อหลบซ่อนโดยปิดบังนารูโตะเอาไว้ ยามาโตะเผชิญหน้ากับคาบูโตะที่ตามมาจนถึงเต่ายักษ์และถูกจับตัวไป ยามาโตะถูกดึงเอาเซลล์ของฮาชิรามะไปใช้เพื่อเสริมให้กองทัพเซ็ตสึขาวแข็งแกร่งกว่าเดิมซึ่งจนถึงขณะนี้ยังไม่รู้ว่าชะตาของยามาโตะตอนนี้เป็นอย่างไร