ยามาโมโตะเป็นกัปตันชมรมเบสบอลของนามาโมริผู้มีทักษะด้านกีฬาเป็นเลิศ เขาเป็นคนหัวดีเพียงแต่ไม่ค่อยใส่ใจการเรียนจึงทำคะแนนสอบออกมาไม่ดี
ยามาโมโตะเข้าเป็นผู้พิทักษ์พิรุณของวองโกเล่เพราะคิดว่าเป็นเพียงการเล่นเป็นมาเฟีย ในศึกปะทะโรคุโด มุคุโร่ที่โกคุโยแลนด์ยามาโมโตะเอาแขนของตัวเองรับการโจมตีของเคนเพื่อช่วยเหลือสึนะ
ยามาโมโตะได้รับการถ่ายทอดเพลงดาบชิงุเระโซเอ็นจากพ่อกลายเป็นผู้สืบทอดรุ่นที่ 9 ของสำนักชิงุเระ ในศึกชิงแหวนแห่งพิรุณระหว่างวองโกเล่กับวาเรีย ยามาโมโตะสู้กับสควอโล่โดยใช้วิชาดาบชิงุเระโซเอ็นเอาชนะและได้แหวนแห่งพิรุณมาครอง
ในโลกอนาคตยามาโมโตะผู้ใหญ่ปรากฏตัวเพื่อช่วยเหลือพวกสึนะที่ถูกส่งตัวไปและพาไปยังฐานทัพวองโกเล่ ระหว่างการต่อสู้กับพี่น้องโนซารุกับทาซารุ ยามาโมโตะในอดีตก็ถูกดึงตัวมาแทนที่ยามาโมโตะในร่างผู้ใหญ่
ยามาโมโตะกับโกคุเดระออกตามหาเบาะแสของฮิเบิร์ดไปยังศาลเจ้านามิโมริจนได้พบกับแกมม่า ยามาโมโตะกับโกคุเดระที่ยังไม่ชำนาญวิธีต่อสู้ในยุคนี้ได้พ่ายแพ้แก่แกมม่าอย่างง่ายดายแต่ก่อนที่จะถูกกำจัดฮิบาริก็ได้เข้ามาช่วยเอาไว้
ยามาโมโตะเรียนรู้การใช้อาวุธกล่องและแหวนจากรัล มิลจิพร้อมกับศึกษาเพลงดาบจากวีดีโอที่สควอโล่ในยุคนี้ส่งมา ในการบุกฐานทัพเมโลเน่ของมิลฟิโอเล่ ยามาโมโตะต้องสู้กับอัศวินมายาโดยใช้ดาบชิงุเระคินโทคิกับนางแอ่นพิรุณแต่ต้องพ่ายแพ้แก่ภาพมายาของอัศวินมายา
ยามาโมโตะได้รับการฝึกพิเศษสุดโหดจากสควอโล่ เขาถูกบังคับให้เลือกระหว่างเบสบอลกับดาบซึ่งเขาก็ได้เลือกดาบแต่แค่เฉพาะในการต่อสู้นี้เท่านั้น ยามาโมโตะใช้นางแอ่นพิรุณชื่อโคจิโร่กับสุนัขคาบดาบชื่อจิโรต่อสู้กับอัศวินมายาอีกครั้งในศึกช้อย เขาใช้ 4 ดาบพิสดารประกอบด้วย 3 ดาบสั้นกับ 1 ดาบยาวซึ่งเป็นอาวุธของผู้พิทักษ์พิรุณรุ่นแรกเอาชนะอัศวินมายา ทว่าเขาไม่สามารถบุกไปทำลายเป้าหมายได้ทันจนเป็นเหตุให้วองโกเล่พ่ายแพ้ในศึกนี้
การทดสอบผู้สืบทอดวองโกเล่ตัวจริง ยามาโมโตะที่ร้อนรนใจเพราะความใจอ่อนของตัวเองทำให้พ่ายแพ้ เขาเห็น “อาซาริ อุเกทสึ” ผู้พิทักษ์พิรุณรุ่นแรกหยิบอาวุธออกมาจึงคิดว่าจะต้องสู้ ยามาโมโตะพยายามโจมตีช่องโหว่ของอุเกทสึแต่ถูกโคโรเนโร่ขวางเอาไว้และไม่ผ่านการทดสอบ อุเกทสึยอมใจอ่อนให้โอกาสยามาโมโตะทดสอบครั้งที่ 2 เขาจงใจสร้างช่องอีกครั้งเพื่อทดสอบยามาโมโตะว่าจะลงมือกับผู้ที่ไม่มีการตั้งรับหรือไม่ซึ่งยามาโมโตะหยุดการโจมตีนั้นทำให้เขาผ่านการทดสอบและได้รับพลังของกล่องจากอุเกทสึ