เบียคุยะขึ้นเป็นหัวหน้าหน่วยที่ 6 แห่ง 13 หน่วยพิทักษ์ต่อจากปู่ของเขา เขาเกิดในตระกูลคุจิกิ 1 ใน 4 ตระกูลขุนนางชั้นสูงของโซลโซไซตี้ที่เกิดมามีแรงดันวิญญาณเหนือกว่าคนทั่วไปหลายเท่า
ในวัยเด็กเบียคุยะที่ยังอ่อนหัดมักจะถูกโยรุอิจิแกล้ง เขาแต่งงานกับฮิซานะซึ่งมีร่างกายอ่อนแอแม้จะถูกคัดค้านจากคนในตระกูล เมื่อฮิซานะจากไปเขาได้ทำตามความปรารถนาโดยการตามหาน้องสาวของเธอจนได้พบกับลูเคียและรับเข้ามาในตระกูลคุจิกิซึ่งเป็นการทำผิดกฎของตระกูล เบียคุยะจึงสาบานต่อหน้าหลุมศพพ่อแม่ว่าจะไม่มีการทำผิดกฎของตระกูลอีกเป็นครั้งที่ 2
เบียคุยะได้รับคำสั่งให้มาที่โลกมนุษย์พร้อมกับเร็นจิเพื่อจับตัวลูเคียกลับไปรับโทษ เขาหักดาบของอิจิโกะและแทงอิจิโกะอย่างรวดเร็ว 2 ครั้งเพื่อทำลายโซ่กรรมและวิญญาณหลักจนอิจิโกะล้มลง
เบียคุยะไปที่หอสำนึกผิดและปลดปล่อยดาบจัดการกันจูที่มาช่วยลูเคียจนหมดสภาพ แต่ก่อนที่จะเลยเถิดไปอุคิทาเกะก็เข้ามาหยุดเอาไว้ก่อน เบียคุยะเผชิญหน้ากับอิจิโกะอีกครั้ง เขาเห็นว่าฝีมือของอิจิโกะพัฒนาขึ้นมากจึงคิดจะปลดปล่อยดาบอีกแต่ถูกโยรุอิจิหยุดเอาไว้และพาอิจิโกะหนีไป
เบียคุยะจัดการเร็นจิและไปที่ลานโซเคียคุเพื่อรอการประหารลูเคีย เขาสู้กับอิจิโกะที่มาช่วยลูเคียและใช้บังไคโจมตีจนบาดเจ็บแต่ก็ถูกบังไคของอิจิโกะโจมตีบาดเจ็บเช่นกัน เบียคุยะสละการป้องกันเพื่อทุ่มเททุกอย่างให้กับการโจมตี ในการดวลดาบครั้งสุดท้ายบังไคของเขาได้สลายลงและพ่ายแพ้ เขาบอกถึงเหตุผลที่ต้องดูน้องสาวถูกประหารให้อิจิโกะฟังก่อนจะจากไป
เบียคุยะเข้าช่วยลูเคียจากคมดาบของอิจิมารุจนตัวเองถูกแทงซ้ำก่อนที่ไอเซ็นหนีไป ขณะรอการรักษาจากอุโนะฮานะเขาได้บอกความจริงเกี่ยวกับพี่สาวของลูเคีย
เบียคุยะได้รับจดหมายลับจากเก็นริวไซให้ไปหาเพราะระแคะระคายว่าอาจจะมีหนอนบ่อนไส้อยู่ในโซลโซไซตี้ เขาถูกไหว้วานให้ตรวจสอบข้อมูลของเบาท์จากบันทึกอันยาวนานของตระกูลคุจิกิ เบียคุยะไปหาคาริยะและต่อสู้กันจนอิจิโกะมาถึง เบียคุยะโจมตีใส่คาริยะและอิจิโกะที่เข้ามาขวางจนกระทั่งรันเทาปรากฏตัว
เบียคุยะส่งเร็นจิกับลูเคียไปที่โลกเพื่อให้ไปยังฮูเอกุนโด้ก่อนจะตามมาช่วยลูเคียทีหลังโดยปรากฏตัวก่อนที่ลูเคียจะถูกกำจัด เบียคุยะต่อสู้กับโซมารี เลอรูซ์ เอสปาด้าลำดับที่ 7 ทั้งเท้าซ้ายและมือซ้ายของเขาตกอยู่ในการควบคุมของโซมารีเขาจึงตัดเอ็นเท้าและมือซ้ายจนขาด เบียคุยะโกรธจัดเมื่อเห็นลูเคียถูกควบคุมเขาจึงปลดปล่อยบังไคโจมตีโซมารีจากทุกด้านและจัดการฟันจนร่างสลายไป
เบียคุยะมาที่โลกมนุษย์พร้อมกับยมทูตคนอื่นเพื่อช่วยเหลืออิจิโกะ เขาถูกจับคู่ให้สู้กับซึคิชิมะและถูก “บุ๊ค ออฟ ดิเอน” เล่นงานทำให้ถูกอ่านการโจมตีรวมไปถึงขอบเขตที่โจมตีไม่ได้ เบียคุยะถูกฟันจนดาบฟันวิญญาณหักแต่เขาก็คิดวิธีต่อสู้ขึ้นมาและจัดการซึคิชิมะลงได้
การต่อสู้กับนักรบดวงดาราที่บุกเข้ามาในเซย์เรย์เทย์โดยไม่รู้ความสามารถทำให้เบียคุยะต้องเข้าสู้และสั่งให้เร็นจิคอยเก็บข้อมูล เบียคุยะถูกขโมยปลดปล่อยสวัสดิกะและพ่ายแพ้อาการสาหัสแม้แต่อุโนะฮานะก็ไม่สามารถช่วยได้ เมื่อหน่วยศูนย์มาถึงร่างของเบียคุยะถูกนำไปรักษาที่วังของเท็นจิโร่แห่งหน่วยศูนย์