คาบูโตะทำงานโดยแอบแฝงตัวเองเพื่อเก็บข้อมูล เขามีพรสวรรค์ในวิชาแพทย์และเรียนรู้มันตั้งแต่ยังเด็กจนกลายเป็นผู้เชี่ยวชาญ สามารถรักษาอาการบาดเจ็บและฟื้นฟูร่างกายได้อย่างรวดเร็ว แต่กระนั้นฝีมือการรักษาของเขาก็ยังรองซึนาเดะที่ได้ชื่อว่าเป็นหมอที่เก่งที่สุดในยุคปัจจุบัน
คาบูโตะเป็นเด็กกำพร้าจากเมืองที่เกิดสงคราม ไม่มีแม้กระทั่งชื่อของตัวเอง คาบูโตะถูกโนโนะเก็บไปเลี้ยงที่สถานเลี้ยงเด็กกำพร้าและถูกตั้งชื่อว่า “คาบูโตะ” อย่างไม่ตั้งใจ เขาเริ่มเรียนรู้วิชาแพทย์รักษาอาการบาดเจ็บให้กับนินจาเพื่อนำเงินเข้าสถานรับเลี้ยงเด็กกำพร้าจนได้พบกับโอโรจิมารุ
แม้จะมีปัญหาเรื่องสายตาแต่คาบูโตะก็เป็นเด็กที่ฉลาดมากจนถูกตาต้องใจโอโรจิมารุเข้า คาบูโตะรู้ว่าสถานะทางการเงินของสถานเลี้ยงเด็กกำพร้ากำลังแย่เขาจึงตัดสินใจไปเป็นสายลับทำงานให้กับดันโซ ระหว่างภารกิจครั้งหนึ่งเขาถูกโจมตีและเมื่อเห็นใบหน้าของศัตรูก็พบว่าเป็นโนโนะ
คาบูโตะพยายามรักษาบาดแผลของโนโนะและบอกว่าเขาคือคาบูโตะแต่โนโนะกลับจำเขาไม่ได้ คาบูโตะรู้สึกสับสนถึงเป้าหมายในการมีชีวิตอยู่ของตัวเอง ในตอนนั้นโอโรจิมารุปรากฏตัวและพาคาบูโตะไปยังฐานลับพร้อมกับเล่าความจริงทุกอย่างให้ฟัง คาบูโตะได้รับประวัติใหม่เปลี่ยนเป็นเด็กที่ถูกพบในสงครามและถูกเลี้ยงดูโดยหัวหน้าของทีมแพทย์โดยใช้นามสกุลยาคุชิตามโนโนะ
คาบูโตะได้รับภารกิจสำคัญจากโอโรจิมารุให้สืบความเคลื่อนไหวของแสงอุษา เขาถูกซาโซริใช้วิชาลับควบคุมเพื่อให้มาล้วงความลับของโอโรจิมารุ แต่โอโรจิมารุรู้เรื่องนี้ดีและคลายคาถานั้นก่อนที่จะส่งคาบูโตะสวมรอยกลับไปสืบข้อมูลของซาโซริมาให้แทน
ในช่วงการสอบจูนินคาบูโตะปรากฏตัวออกมาเพื่อเก็บข้อมูลของซาสึเกะโดยเขาร่วมทีมกับโยโรอิและซึรุงิ ในการสอบรอบแรกคาบูโตะช่วยเหลือทีมนารูโตะไม่ให้เปิดคัมภีร์ระหว่างทางและไปยังถึงยังจุดหมายได้อย่างปลอดภัยก่อนที่เขาจะถอนตัวออกจากการสอบรอบสุดท้าย
แผนการถล่มโคโนฮะล้มเหลว คาบูโตะกับโอโรจิมารุออกตามหาซึนาเดะเพื่อให้ช่วยรักษาแขนของโอโรจิมารุที่ถูกฮิรุเซ็นผนึกแต่ซึนาเดะคิดหักหลังจนเกิดเป็นการต่อสู้ของสามนินจาในตำนาน คาบูโตะใช้จุดอ่อนที่ซึนาเดะกลัวเลือดเอาชนะซึนาเดะแต่ถูกนารูโตะก็เข้ามาขวางเอาไว้ ก่อนที่เขาจะถูกกระสุนวงจักรโจมตีใส่ที่ท้องจนได้รับความเสียหายและถอยร่นไปหลังจากโอโรจิมารุแพ้เช่นกัน
หลังจากโอโรจิมารุถูกซาสึเกะจัดการเขาได้รวบรวมเลือดและเซลล์ของนินจาที่มีความสามารถเฉพาะด้านแล้วใส่เข้าไปในร่างกายตัวเอง คาบูโตะก้าวข้ามโอโรจิมารุโดยได้รับการฝึกฝนตัวเองที่ริวจิโด (Ryuchidou) ภายใต้การแนะนำของเซียนงูขาวจนสำเร็จวิชาเซียนซึ่งพลังอันสุดยอดของเซียนช่วยให้เขาลอกคราบจากงูกลายเป็นมังกร
คาบูโตะรู้แผนการของมาดาระจึงเดินทางไปหาโทบิเพื่อร่วมมือด้วยโดยเขาได้อัญเชิญร่างของมาดาระออกมาให้โทบิดู แม้โทบิจะยังไม่ไว้ใจแต่เห็นว่าความสามารถของคาบูโตะเป็นประโยชน์แก่แผนการจึงพาคาบูโตะไปยังฐานลับ คาบูโตะเสนอตัวไปจับแปดหางและเก้าหางเพื่อให้โทบิไว้วางใจแต่พลาด กระนั้นเขาก็ยังได้ตัวยามาโตะมาใช้เพื่อเพิ่มความแข็งแกร่งให้กองทัพเซ็ตสึขาว
คาบูโตะจับตัวอังโกะมาเพื่อดูดจักระของโอโรจิมารุจากอักขระที่ต้นคอของอังโกะเพื่อเพิ่มความแข็งแกร่งให้คาถาสัมภเวสีคืนชีพและเพื่อใช้ร่างเป็นๆของอังโกะเป็นเครื่องสังเวย คาบูโตะบอกความลับของคาถาสัมภเวสีคืนชีพแก่โทบิเพราะต้องการให้โทบิไว้ใจและแสดงให้ดูโดยใช้ร่างของโทรุเนะกับฟุที่โทบิจับเอาไว้เป็นเครื่องสังเวย
ในช่วงสงครามโลกนินจาครั้งที่ 4 คาบูโตะใช้คาถาสัมภเวสีคืนชีพปลุกนินจาสุดแกร่งในอดีตขึ้นมาทั้งอดีตสมาชิกแสงอา อดีตพลังสถิตร่างและอดีตคาเงะในตำนานโดยสร้างเป็นกองทัพนินจาอมตะที่แข็งแกร่งซึ่งเขาทำหน้าที่ควบคุมสงคราม แต่ความผิดพลาดใหญ่หลวงของเขาคือการปลุกอิทาจิขึ้นมาด้วย
คาบูโตะที่กำลังเพลิดเพลินกับการวางหมากได้พบกับสองพี่น้องอุจิวะที่บุกมาหาเพื่อจะหยุดคาถาสัมภเวสีคืนชีพ คาบูโตะเข้าสู่โหมดเซียนโจมตีใส่สองพี่น้องอุจิวะด้วยแสงและเสียงเกิดเป็นแรงสั่นสะเทือนของอากาศทำให้ร่างกายเป็นอัมพาต ส่วนตัวเขาใช้กระจกตาของงูป้องกันแสงและใช้ร่างกายที่เป็นของเหลวทำให้เคลื่อนไหวได้อย่างอิสระ
คาบูโตะผู้หลงระเริงกับพลังเซียนและการที่เขาไม่อาจค้นพบตัวตนที่แท้จริงของตัวเองทำให้กลายเป็นจุดอ่อนให้อิทาจิใช้อิซานามิจัดการ คาบูโตะติดอยู่ในวังวนที่ไม่สิ้นสุดของโลกแห่งภาพลวงตา ก่อนที่จะถูกเนตรวงแหวนของอิทาจิควบคุมให้คลายคาถาสัมภเวสีคืนชีพ