ซากุระมาจากตระกูลฮารุโนะที่มีพรสวรรค์ด้านการควบคุมจักระซึ่งตรงกับคุณสมบัติของการเป็นนินจาแพทย์ที่ดี ดังเช่นรินที่สามารถรักษาบาดแผลและผ่าตัดปลูกถ่ายอวัยวะได้ตั้งแต่อายุยังน้อย
ในการสอบจูนินรอบสุดท้ายซากุระต้องจับคู่ต่อสู้กับอิโนะซึ่งเป็นทั้งเพื่อนรักและศัตรูหัวใจในเวลาเดียวกัน แม้เธอจะเอาชนะได้แต่ด้วยร่างกายที่เจ็บหนักทำให้เธอต้องถอนตัวออกจากการสอบ
ซากุระหลงรักซาสึเกะตั้งแต่สมัยเด็ก เธอเสียใจมากที่ไม่สามารถรั้งตัวซาสึเกะเอาไว้ได้ ในภารกิจตามตัวซาสึเกะกลับหมู่บ้านเธอได้ขอร้องนารูโตะทั้งน้ำตาให้พาตัวซาสึเกะกลับมาให้ได้ซึ่งนั่นก็ได้กลายเป็นสัญญาชั่วชีวิตของนารูโตะ
หลังจากผ่านภารกิจมาหลายครั้งซากุระรู้สึกถึงความอ่อนแอของตัวเองที่มักจะกลายเป็นตัวถ่วงคนอื่น เธอเข้าพบซึนาเดะและขอร้องให้ช่วยสอนวิชาแพทย์ให้ ซึนาเดะให้เธอลองทำการรักษาและรู้ว่าซากุระมีพรสวรรค์ในการเป็นแพทย์เหมือนชิซึเนะ ก่อนที่เธอจะก้าวหน้าขึ้นจนสามารถใช้ผนึกเบียคุโกที่มีเพียงเธอ ซึนาเดะและมิโตะเท่านั้นที่ใช้ได้
เวลาผ่านไปสองปีซากุระกลายเป็นนินจาแพทย์ที่เก่งกาจระดับแนวหน้าของโคโนฮะและมีความบ้าระห่ำไม่ต่างจากซึนาเดะโดยเฉพาะพละกำลังมหาศาลที่ทุบแผ่นดินจนแยกออกด้วยหมัดเดียว
ซากุระเธอร่วมทีมคาคาชิไปแคว้นซึนะเพื่อรักษาพิษในตัวคันคุโร่หลังจากได้รับบาดเจ็บจากการต่อสู้กับซาโซริ ซากุระเดินทางออกจากแค้วนซึนะเพื่อตามล่าแสงอุษาที่ลักพาตัวกาอาระไป เธอกับย่าโจเผชิญหน้ากับซาโซริผู้ใช้วิชาเชิดหุ่น เธอถูกพิษของซาโซริแต่ยังฝืนสู้ไหวเพราะมียาถอนที่ทำขึ้นตอนรักษาคันคุโร่จนสุดท้ายเธอก็สามารถเอาชนะซาโซริได้
จากการอนุมัติให้จัดการซาสึเกะได้ในฐานะนินจาถอนตัว ซากุระเดินทางไปหาซาสึเกะเพราะต้องการจัดการเรื่องทั้งหมดให้จบสิ้น แต่ด้วยความใจอ่อนของเธอทำให้ไม่สามารถลงมือได้และเกือบถูกซาสึเกะโจมตีจากด้านหลัง โชคดีที่นารูโตะมาช่วยไว้ได้ทัน
ในสงครามโลกนินจาครั้งที่ 4 ซากุระเป็นแกนหลักในหน่วยแพทย์ของกองทัพพันธมิตรนินจา เธอรักษาอาการบาดเจ็บให้กับนินจาที่ได้รับบาดเจ็บและจัดการเซ็ตสึที่แปลงร่างเป็นเนจิลอบเข้ามาในหน่วยแพทย์ก่อนจะเข้าร่วมสู้ในสงครามอย่างเต็มตัว
การปรากฏตัวในสนามรบอย่างคาดไม่ถึงของซาสึเกะทำให้สมาชิกทีม 7 กลับมารวมตัวกันอีกครั้ง ซากุระใช้ผนึกเบียโกคุโจมตีใส่ร่างแยกของสิบหางและอัญเชิญคัตซึยุออกมาทำการรักษาอาการบาดเจ็บให้กองทัพพันธมิตรนินจา