โอโรจิมารุถูกขนานนามให้เป็นสามนินจาในตำนานที่เลื่องลือไปทั่วโลกนินจา เขาเป็นลูกศิษย์ของฮิรุเซ็นและได้รับการคาดหวังว่าจะเป็นกำลังสำคัญให้หมู่บ้านโคโนฮะในอนาคต แต่ด้วยความทะเยอทะยานสุดจะหยั่งถึงของเขาทำให้เขาเลือกเดินหน้าสู่ด้านมืดและอุทิศตัวให้กับวิชานินจานอกรีด
ในช่วงสงครามนินจาโอโรจิมารุ ซึนาเดะและจิไรยะต้องต่อสู้กับฮันโซที่มีความแข็งแกร่งมากๆ ด้วยพรสวรรค์ของทั้งสามทำให้เป็นที่ยอมรับของฮันโซและได้รับการขนานนามให้เป็นสามนินจาในตำนาน ส่วนในฐานะอาจารย์โอโรจิมารุมีลูกศิษย์ที่น่ารักคืออังโกะซึ่งเขาก็หักหลังและหลอกใช้เธอ
ในอดีตโอโรจิมารุสูญเสียครอบครัวไปจนหมดตั้งแต่ยังเด็ก ดวงตาของเขาจึงเต็มไปด้วยความเศร้า ทว่าฮิรุเซ็นผู้เป็นอาจารย์ก็มองออกว่าโอโรจิมารุนั้นมีความทะเยอทะยานมากเพียงใด ในตอนนั้นโอโรจิมารุได้ฟังเรื่องราวของงูขาวว่าเป็นสัญลักษณ์แห่งความสุขและการเกิดใหม่เขาจึงเลือกใช้งูขาวเป็นต้นแบบ
การได้เห็นผู้คนจำนวนมากต้องจบชีวิตลงไปต่อหน้าต่อตาทำให้โอโรจิมารุคิดว่ามนุษย์นั้นเป็นสิ่งที่ถูกทำลายได้ง่ายดายและความจริงที่ว่าร่างกายมนุษย์มีพลังที่ไม่เคยถูกใช้ในหนึ่งชีวิตหลับใหลอยู่เขาจึงคิดค้นวิชากระตุ้นร่างกายด้วยการลงอักขระจนค้นพบกับวิชาต้องห้ามที่จะฟื้นคืนชีพชีวิตคนตาย
แต่เวลาจำกัดในชีวิตเดียวของคนไม่สามารถได้วิชาทั้งหมดมาหรือต่อให้ใช้วิชาเกิดใหม่ก็ใช่ว่าจะทำทุกอย่างได้ตอนมีชีวิต โอโรจิมารุคิดเสมอว่า “ถ้าตายก็จะสูญเสียทุกอย่างอีก” เขาจึงเริ่มวิชานอกรีดโดยทำการทดลองจากร่างกายของนินจาในหมู่บ้านจนกระทั่งถูกจับได้เขาจึงหนีออกจากหมู่บ้านไป
โอโรจิมารุเข้าร่วมแสงอุษาโดยจับคู่ทำภารกิจร่วมกันกับซาโซริ แต่ทั้งคู่ก็เป็นไม้เบื่อไม้เมาที่มักจะหาโอกาสกำจัดซึ่งกันและกัน ในอดีตโอโรจิมารุปรารถนาที่จะครอบครองร่างของอิทาจิ การได้เห็นอิทาจิมาเข้าร่วมกลุ่มแสงอุษาเขาก็ยิ่งเข้าใกล้เป้าหมายมากขึ้นแต่อิทาจิก็แข็งแกร่งเกินไป
โอโรจิมารุพลาดท่าเสียทีต่ออิทาจิอย่างง่ายดายเขาจึงถอนตัวออกจากแสงอุษาพร้อมกับนำแหวนสัญลักษณ์ติดตัวไปด้วย แม้จะพลาดหวังจากอิทาจิไปแต่ความปรารถนาของโอโรจิมารุยังคงไม่จบสิ้น เขาเปลี่ยนเป้าหมายไปยังซาสึเกะพร้อมกับเริ่มแผนการเพื่อรอเวลาที่จะได้ครอบครองร่างนั้น
โอโรจิมารุก่อตั้งหมู่บ้านนินโดยรวบรวมนินจาฝีมือดีเอาไว้ เขาลอบสังหารคาเสะคาเงะรุ่นที่ 4 และสวมรอยเป็นคาเสะคาเงะโดยวางแผนใช้นินจาของหมู่บ้านสึนะถล่มโคโนฮะในช่วงที่มีการสอบจูนิน แม้แผนการของเขาจะยังคงไม่สำเร็จแต่มันก็ยังเพียงพอที่จะทำให้เขาได้ดำเนินการตามเป้าหมายต่อไป
โอโรจิมารุสามารถนำจุดอ่อนในจิตใจของคนมาใช้ให้เป็นประโยชน์ได้อย่างแยบยล เขาพัฒนาวิชานินจาต้องห้ามได้สำเร็จทั้งคาถาสัมภเวสีคืนชีพและวิชาชีพอมตะที่ถือได้ว่าเป็นสองสุดยอดวิชานินจา รวมทั้งยังแก้ทางคาถาสะกดปิดผนึกซากอสูรได้สำเร็จจึงยากที่จะปฏิเสธได้ว่าเขานี่แหละคืออัจฉริยะ