จิไรยะเป็นลูกศิษย์ของฮิรุเซ็น แต่ฝีมืออ่อนที่สุดในทีมจึงมักถูกนำไปเปรียบเทียบกับโอโรจิมารุและถูกซึนาเดะเมิน ทว่าฮิรุเซ็น ก็รู้ถึงความสามารถของเขาดีและคาดหวังให้เขาเป็นโฮคาเงะในอนาคต
จิไรยะต้องการให้ซึนาเดะหันมาสนใจตนจึงฝึกฝนอย่างหนักและใช้คาถาข้ามมิติจนตัวเองได้เข้าสู่หมู่บ้านกบ “เมียวโบคุซัน” ระหว่างนั้นเขาได้มาๆไปๆเพื่อฝึกฝนวิชา วันหนึ่งปู่กบเรียกตัวเขาไปหาและบอกคำทำนายว่าจิไรยะจะต้องออกเดินทางเพื่อเขียนหนังสือและระหว่างนั้นเขาจะได้พบกับเด็กที่จะสามารถปฏิวัติโลกนินจา ไม่นานเขาก็ได้ออกเดินทางตามคำทำนาย
ในช่วงมหาสงครามโลกนินจาครั้งที่ 3 จิไรยะได้พบกับยาฮิโกะ นางาโตะและโคนันที่ขณะนั้นเด็กทั้ง 3 คนยังไม่สามารถดูแลตัวเองได้ จิไรยะจึงตัดสินใจอยู่ดูแลเด็กทั้งสามคนและพบว่านางาโตะมีเนตรสังสาระ ในตอนนั้นเองเขาคิดว่านางาโตะคือเด็กในคำทำนายของปู่กบ จิไรยะสอนวิชานินจาให้เด็กทั้งสามคนจนเวลาผ่านไป 3 ปีเขาจึงแยกตัวกลับสู่สงครามอีกครั้ง เมื่อสงครามจบลงพร้อมกับการขนานนามเป็นนินจาในตำนาน จิไรยะได้รับข่าวร้ายว่าเด็กทั้งสามคนได้ตายเสียแล้ว
จิไรยะกลับโคโนฮะในช่วงการสอบจูนิน เขาได้พบกับนารูโตะและได้สอนวิชานินจา การดึงพลังของเก้าหางรวมถึงทำสัญญาเลือดอัญเชิญกามะบุนตะออกมา
หลังการตายของฮิรุเซ็น จิไรยะปฏิเสธการขึ้นเป็นโฮคาเงะ เขาออกจากหมู่บ้านพร้อมกับนารูโตะเพื่อสอนวิชาให้และเพื่อตามหาซึนาเดะจนนำไปสู่การต่อสู้ระหว่างสามนินจาในตำนาน โดยระหว่างการหาตัวซึนาเดะนั้นเขาได้ปะทะกับอิทาจิและคิซาเมะในช่วงสั้นๆ
จิไรยะพบเบาะแสของหัวหน้ากลุ่มแสงอุษาจึงไปพบซึนาเดะ แม้ซึนาเดะรู้สึกกังวลใจกับภารกิจของจิไรยะในครั้งนี้แต่เธอไม่ได้พูดอะไรมากและไม่รู้เลยว่านั่นจะเป็นการพบหน้ากันครั้งสุดท้าย
จิไรยะลอบเข้าหมู่บ้านอาเมะงาคุเระเพื่อสืบข้อมูลของเพนและพบว่าผู้คนในหมู่บ้านต่างยกให้เพนเป็นเทพเจ้า จิไรยะได้พบกับโคนันที่เขาคิดว่าตายไปแล้วและสู้กันจนเขาจับตัวโคนันได้ ทว่าคนที่ปรากฏตัวต่อหน้าเขาในตอนนั้นมีเนตรสังสาระเหมือนนางาโตะ
จิไรยะเข้าสู่โหมดเซียนเพื่อต่อกรกับเพนทั้ง 3 ร่างที่มีเนตรสังสาระและเอาชนะได้อย่างยากลำบาก ขณะกำลังจะเดินจากไปเขาถูกโจมตีจากด้านหลังจนแขนซ้ายขาดและเมื่อหันกลับไปดูก็ได้พบกับเพนทั้งหกร่าง
แม้ปู่กบจะบอกให้ถอยกลับไปตั้งหลักแต่เพื่อค้นหาตัวตนที่แท้จริงของเพนเขาจึงตัดสินใจสู้และจบลงด้วยความพ่ายแพ้ ก่อนตายเขาได้เขียนรหัสลับไว้ที่หลังปู่กบถึงความสามารถที่แท้จริงของเพนและส่งไปยังโคโนฮะ